致病機轉（PATHOGENESIS）
目前對 aGVHD 致病機轉的模型可總結為三步驟過程。第一，HSCT 調理療法及其對宿主組織造成的損傷，導致宿主抗原呈現細胞（antigen-presenting cells, APCs）活化。第二，捐贈者 T 細胞因接觸活化的 APCs 而增生。最後，標的組織（皮膚、肝臟、胃腸道）經由細胞毒性 T 淋巴球、自然殺手細胞與可溶性因子（TNF、IFN-γ、IL-1、一氧化氮）而被破壞。近期，人源化小鼠模型已證實捐贈者 APC 對宿主駐留 T 細胞的活化亦可引發移植物抗宿主反應。這兩種被提出的機制可能並不相互矛盾，而是彼此互補，並提示疾病致病機轉存在多重途徑。
對 cGVHD 的清楚理解仍付之闕如，且現有的鼠類模型僅重現人類疾病的部分特徵（例如硬化性皮膚侵犯、自體抗體）。同種反應性（alloreactive）T 細胞再次被認為扮演核心角色，但許多其他免疫媒介物也日益被牽涉其中。許多 cGVHD 表現類似自體免疫疾病，提示 B 細胞在疾病過程中的角色。的確，rituximab（抗 CD20 抗體）在部分病人是有益的救援療法。B 細胞似乎會使 T 細胞對次要組織相容性抗原致敏，且 TNF 家族的 B 細胞活化因子（B cell activating factor of the TNF family, BAFF；一種 B 細胞活化的標記）的血清濃度與 cGVHD 相關。cGVHD 病人常存在多種自體抗體，包括抗核抗體、抗 dsDNA 抗體與抗平滑肌抗體，不過迄今尚未顯示它們與特定疾病表現相關。在 cGVHD 病人身上曾觀察到針對血小板衍生生長因子受體（platelet-derived growth factor receptor, PDGFR）的活化性抗體，提示以 imatinib mesylate 等藥物標的此受體及其促纖維化途徑可能改善 cGVHD。然而，這些抗體的功能意義仍不確定。
HSCT 受贈者亦已被證實因胸腺分化減少而有調節性 T 細胞（regulatory T cells, Tregs）的缺乏。Tregs 對自體耐受性的建立與維持不可或缺，而 Treg 功能受損與自體免疫相關。在異體 HSCT 的小鼠模型中，Tregs 的過繼性轉移（adoptive transfer）已被證實可改善 cGVHD 的徵象與症狀。皮膚 cGVHD 病人與小鼠模型的組織與血漿中 IL-17 與 -22 濃度上升，提示 Th17 細胞可能扮演角色，且 IL-17 抑制劑已被探討作為 cGVHD 的治療。值得注意的是，根據疾病的持續時間與表型，cGVHD 可能有不同的潛在機制。