流行病學（EPIDEMIOLOGY）
皮膚疣由一小群特定的 HPV 型別所引起，在小學學童中盛行率高達 30%，其後隨年齡增長而下降。居住於較大家戶的病人常報告有受感染的同住者，支持人與人之間傳播的概念。多數的疣會在 1–2 年內自行消退。清除之後，再次被同一 HPV 型別感染似乎並不常見，顯示可能已發展出具保護性的型別限制性免疫。
生殖器 HPV 感染最常經由親密接觸發生，而非生殖器皮膚的感染則可能經由直接的皮膚對皮膚接觸，或間接透過受污染的表面與物品（例如游泳池、健身房）而發生。基底層角質形成細胞（basal keratinocytes）是 HPV 感染的主要標的，經由輕微擦傷而暴露於病毒，且浸潤軟化（maceration）會促進感染。病毒自病灶自體接種（autoinoculation）到鄰近皮膚的情形很常見，尤其是指部疣或扁平疣。使用靈敏的聚合酶連鎖反應（polymerase chain reaction, PCR）偵測法，HPV 相關病灶周圍外觀正常的皮膚，甚至健康自願者的皮膚，都可能含有 HPV DNA。這些觀察有助於解釋疣的高復發率（例如生殖器濕疣為 20%–50%），以及治療可能無法防止病毒進一步傳播的現象。乳突病毒因缺乏病毒外套膜（viral envelope）而對熱與乾燥具抵抗性，甚至雷射產生的煙霧中都可能含有具感染力的病毒顆粒（virions）。
青春期前兒童的生殖器疣並不常見，其診斷會引發特別的顧慮。雖然病毒傳播可能發生於分娩過程、來自親密的家庭接觸者，或來自皮膚疣的自體接種，但這些病灶可能由性虐待所致的可能性，始終應被審慎考量（見下文）。
在美國，下肛門生殖道的 HPV 感染曾是最常見的性傳染感染（sexually transmitted infection, STI），在 19–59 歲族群中的歷史整體盛行率約為 40%。然而，在四價 HPV 疫苗引進之後，14–19 歲女性子宮頸陰道檢體中 HPV 型別 6、11、16 與 18 的盛行率下降，從疫苗前時代（2003–2006）的 11.5% 降至 2007–2010 年的 5%。行為上的危險因子包括過早開始性交，以及一生中的性伴侶數。已行包皮環切的男性較不易帶有並傳播 HPV 感染。在男男性行為者（men who have sex with men, MSM）中，肛門 HPV 感染非常盛行（高達 75%）。生殖器 HPV 感染對公共衛生的衝擊，可從因治療生殖器疣而至醫師診間的初診人次之多，以及子宮頸抹片異常與子宮頸腫瘤等後果的發生頻率得到印證。在美國，經由性行為取得之 HPV 感染的估計盛行人數為 4200 萬人，而生殖器 HPV 感染估計的年度成本負擔為 60 億美元，使其成為僅次於 HIV 感染、花費第二高的 STI。
多數生殖器乳突病毒感染會自行緩解，屆時 HPV DNA 以 PCR 已無法偵測。女性高危險型 HPV 感染的中位持續時間為 8 個月，1 年後有 30% 持續存在，2 年後為 9%。子宮頸持續感染高危險型 HPV 是發生子宮頸上皮內腫瘤（cervical intraepithelial neoplasia, CIN）與癌症的必要條件。HPV-16 可在約 50% 的子宮頸癌與高度 CIN 中被偵測到。HPV-16、-18、-31、-33、-45、-52 與 -58 合計已在約 90% 的子宮頸癌中被鑑定出來，且全部都是九價 HPV 疫苗的標的。
全球而言，2018 年估計診斷出 57 萬例子宮頸癌，造成約 31 萬人死亡。此病主要發生於缺乏有效子宮頸篩檢計畫的低收入國家。在美國，預防與早期偵測計畫已使子宮頸癌的發生率降低約 75%，至每年每 10 萬名女性 8 例。根據美國癌症學會（American Cancer Society），2021 年估計發生 14 500 例新的子宮頸癌，造成約 4300 人死亡。雖然高危險致癌型 HPV 型別解釋了發生子宮頸癌所觀察到的大部分風險，吸菸、子宮頸發炎、產次（parity）與口服避孕藥的使用亦被提出作為共同因子（cofactors）。雖然 HPV 經血行播散的證據很少，約 60% 的肛門生殖器感染病人在感染過程中會產生低效價、型別限制性的抗體。效價傾向緩慢下降，並可能在病毒清除後持續數年。
HIV 感染病人與器官移植接受者的免疫抑制，會導致 HPV 感染更頻繁、更持久，且更可能進展為上皮內腫瘤，其中 CD4+ T 細胞耗竭與 HIV 病毒量是重要的危險因子。在分析肛門拭子的研究中，高達 93% 的 HIV 血清陽性 MSM 之 HPV DNA 為陽性，相較之下 HIV 陰性 MSM 為 60%。HPV 相關的肛門上皮內腫瘤（anal intraepithelial neoplasia, AIN）可能是肛門癌的前驅病灶，見於高達三分之一的 HIV 感染 MSM，相較之下 HIV 陰性 MSM 為 20%。抗反轉錄病毒治療對 AIN 或 CIN 的發生率與進展並未顯示效益，或僅有輕微效益。同樣地，器官移植接受者發生疣與生殖器腫瘤的風險增加。他們的癌前與惡性皮膚腫瘤（例如日光性角化症 actinic keratoses、Bowen disease 與 SCCs）發生率也較高，尤其在日光曝曬部位。
來自器官移植接受者的皮膚腫瘤，以及來自免疫功能正常者的「健康皮膚」與拔下的毛髮，常含有 β HPV 型別的 DNA（見下文）。只有在 EV 病人與免疫功能低下的宿主中，β HPV 感染才會導致高度活躍的病毒複製並伴隨細胞病變效應（cytopathic effects）與臨床病灶。在皮膚拭子檢體中，1 個月至 4 歲的兒童具有高盛行率（從 50% 至 70%）的 HPV DNA，顯示外觀正常的人類皮膚在生命極早期即被多種 β HPV 型別所定殖，最可能是透過密切的皮膚對皮膚接觸。β HPV DNA 亦曾在乾癬病灶以及接受 PUVA 治療病人的皮膚癌中被偵測到；然而，偵測需要高度靈敏的 PCR 方法，且病毒基因轉錄未見報告。
反覆性呼吸道乳突瘤病（recurrent respiratory papillomatosis, RRP）的特徵為呼吸道的外生性（exophytic）病灶。其發生形式有幼年發病型與成人發病型，通常由 HPV-6 與 -11 所引起。儘管發生率低，為每 10 萬人 0.4–1.2 例，RRP 仍是喉部最常見的良性腫瘤。一般認為在兒童期發病的 RRP 中，HPV 自母親垂直傳給孩子是經由分娩時通過受感染的產道時吸入所致。雖然對於患有濕疣的孕婦應考慮治療以降低病毒量，但支持以剖腹產來預防子代發生 RRP 的證據並不充分。成人發病型 RRP 較可能源自生殖器至口腔的傳播。